Nuestra iglesia ha establecido, basados en el Libro de Orden de la Iglesia Presbiteriana, dos cuerpos de gobierno y autoridad: el Consistorio y la Junta de Diáconos. Al mismo tiempo y para contribuir con el desarrollo de las responsabilidades de estos cuerpos, se han establecido los siguientes comités y grupos de trabajo, los cuales tienen objetivos y metas a cumplir definidos en el Plan de Misión de Nuestra iglesia. La reunión de los cuerpos gobernantes, los comités y los grupos de trabajo, de acuerdo con la tradición metodista, conforman el Concilio de Ministerios.